La reforma de la Carta Orgánica también generó enfrentamientos entre los radicales. La modificación del texto estuvo a cargo de una comisión integrada por todas las líneas internas que si bien en la mayoría de los puntos tuvieron coincidencias, hubo algunos artículos en donde no hubo acuerdos y debió ser la Convención la que debió definir.
En la totalidad de los puntos donde había discrepancias y debía definir la Convención, se impuso la voluntad de la orgánica partidaria.
Los puntos más álgidos estaban vinculados a las sanciones, a la confinación de las líneas y a la autonomía de los comités del interior.
En lo vinculado a las sanciones, el sector opositor proponía que las medidas disciplinarias de menos de seis meses también tengan una doble instancia interna antes de pasar a la Justicia federal. La orgánica pedía que siga igual como está y logró imponer su voluntad.
Después se debatió la supresión de las líneas internas pasando directamente a la presentación de alianzas. Este planteo impulsado por los sectores no alineados a Marchioli, también fue rechazado por la orgánica.
Finalmente, y luego de una fuerte discusión en torno a las autonomías de los comités del interior, hubo acuerdo entre todas las líneas. Se decidió que, en un proceso electoral interno cuando haya unidad en un departamento, éste no quede obligado a tener que definir a una de las listas provinciales sino que pueda acompañar a todas.
