En el segundo tiempo, ingresó Martín Palermo en el ataque xeneize, e incluso hizo un gol que fue ilegítimamente anulado por el brasileño Paulo César De Oliveira. Después, fue bien controlado -a veces con demasiado rigor- por parte de la defensa ecuatoriana.
En los dirigidos por Carlos Ischia se destacaron el colombiano Fabián Vargas, que exhibió una gran dinámica en el mediocampo, y Palacio, autor del tanto que en definitiva sería de la victoria en su regreso a la titularidad desde el arranque.
Cuenca generó algunas acciones de riesgo en el complemento, pero las desperdició por su propia ineficacia a la hora de definir.
No obstante la exigua diferencia, Boca fue un merecido ganador.